因为该项交易是甲公司以其所属的从事机床配件生产的一个车间（构成业务）向联营企业乙公司增资，虽然乙公司是甲公司的联营企业，但在这种情况下，需要按照所投出业务的公允价值来确定新取得长期股权投资的初始投资成本。 根据题目所提供的信息，该业务的公允价值为1800万元，所以甲公司应当按照公允价值1800万元作为新取得长期股权投资的初始投资成本，初始投资成本与所投出业务的净资产账面价值1000万元之间的差额800万元应全额计入当期损益。 这种处理方式主要是为了更准确地反映交易的经济实质。在该项交易中，公允价值能够更好地体现所投出业务的市场价值，而不仅仅是基于账面价值来确定投资成本。这样可以更真实地反映甲公司对联营企业的投资情况，以及该投资交易所带来的损益影响。 如果不构成业务，可能会按照内部交易的相关规定进行处理，但本题中所投出的是一个构成业务的车间，因此适用公允价值计量的原则。