根据您提供的情况，您公司作为总代理，为供应商提供维修配件，并负责维修飞机和二代维修飞机产生的金额的付款。对于供应商开具的50万元发票，您公司可以将其作为维修成本进行处理。 根据权责发生制原则，您公司在支付50万元给供应商时，应当将该款项确认为当期的成本费用。因此，您公司可以将该款项直接计入维修成本科目进行核算。 同样地，对于二代支付给您的30万元，根据权责发生制原则和收入确认原则，您公司应当在提供服务时将该款项确认为当期的收入。因此，您公司可以直接将该款项计入相应的收入科目进行核算。 需要注意的是，在进行账务处理时，应当按照相应的会计制度和准则进行处理，确保账务的合法性和合规性。同时，还需要根据具体情况进行相应的税务申报和处理。