在一般情况下，如果合同是和总公司签订的，但分公司开具发票并要求将款项打到分公司账户，这可能不符合常规的商业实践和会计原则。 会计讲究的是“三流一致”，即发票流、资金流和业务流必须一致。在这个情况下，如果合同是和总公司签订的，但分公司开具发票并收款，这可能会导致三流不一致。 此外，根据中国税法规定，纳税人应当按照合同约定和法律规定确定收款方和开票方。如果合同是和总公司签订的，但分公司开具发票并收款，这可能违反了税法规定。 因此，如果建筑企业要求将款项打到分公司账户并由分公司开具发票，建议重新考虑合同条款和付款方式。建议与建筑企业协商以保持三流一致并遵守相关法律规定