如果建筑公司与甲方在专项条款中只注明了部分材料由甲方提供，但施工合同总金额不包括甲供材料的金额，那么建筑公司不能按照简易征收的方式开具发票。 简易征收是指针对特定行业或特定类型的业务，在开具发票时按照一定的税率和计算方式直接计算税款的一种征收方式。但是，简易征收要求业务类型和计税依据明确、统一，且符合相关税收法规的规定。 根据您提供的信息，建筑公司的业务涉及到甲方提供的材料，但是施工合同总金额不包括这部分材料费用，因此无法按照简易征收的方式开具发票。建筑公司需要按照相关税收法规的规定，结合实际情况计算应缴纳的税款，并按照规定开具发票。