如果广东公司已经支付了货款，但发票开具方为深圳公司，且两家公司并非总分公司关系，那么理论上来说，广东公司需要先让深圳公司退款，然后再由深圳公司重新支付货款。 然而，在实际操作中，可能存在一些变通的方法。以下是几种可能的处理方式： 1.协商解决：广东公司和深圳公司可以协商解决此事。例如，深圳公司可以向广东公司提供相应的发票和付款证明，广东公司则可以向深圳公司出具收据或协议书，以证明已经支付了货款。 2.第三方平台：如果两家公司之间存在信任问题或者协商未果，可以考虑使用第三方平台来进行交易。例如，可以使用支付宝、**支付等第三方支付平台，以确保交易的安全性和合法性。 3.银行转账：广东公司和深圳公司也可以通过银行转账的方式进行交易。这种方式需要双方公司在银行开设账户，并且需要按照银行的规定进行转账操作。