在开票和税收方面，农业合作社和农业公司存在一定差异。 1.农业合作社： 农业合作社通常是由农民自发组织、自我管理、自我服务的农业组织。在开票方面，如果农业合作社是一般纳税人，可以开具增值税专用发票。但是，根据相关规定，农民专业合作社销售免税货物，不得开具增值税专用发票。在税收方面，农业合作社享受国家税收优惠政策，具体减免幅度根据不同地区和项目而异。 1.农业公司： 农业公司是一种企业组织形式，以农业生产为主要经营业务。在开票方面，如果农业公司是一般纳税人，也可以开具增值税专用发票。在税收方面，农业公司需要按照企业所得税法缴纳企业所得税，并享受相关的税收优惠政策。