在公司合并抵消表中，母公司与分公司之间的往来账款需要进行抵消处理。这是因为母公司与分公司是同一个法律实体的一部分，它们的经济活动应该被汇总在一起，以计算最终的财务结果。 当分公司与另一个公司发生往来账款时，这笔交易在合并抵消表中也需要进行抵消。这是因为即使这笔交易没有直接涉及母公司，但分公司的债务或债权与总公司的债务或债权是相对应的。因此，为了准确地反映总公司的财务状况，需要将分公司的往来账款与总公司的相应科目进行抵消。 具体来说，如果分公司在与另一个公司的往来账款中是债务方，那么在合并抵消表中，这笔债务需要与总公司的相应债权进行抵消。反之，如果分公司在往来账款中是债权方，那么这笔债权需要与总公司的相应债务进行抵消。 总之，在进行公司合并抵消时，需要将所有相关的经济活动汇总在一起，包括分公司与其他公司的往来账款。这样才能准确地反映整个法律实体的财务状况。