自然人在电子税务局开电子发票，发票开错已红冲发票，退缴税款的具体操作是：首先根据开具错误电子发票的原因和性质，具体判断发票是否应当注销或者报废，若是确认报废，则可以在电子发票管理工具中做注销处理；另外，若是确认已经开具的电子发票要求红冲，则可以在“红字信息表（红票）”中填写红冲新联抵原联，并提供根据国家税务总局的有关规定填写的信息，并办理红冲正式程序，结束后系统会生成红冲冲红发票，最终可申请办理退纳税款。