对于补发、补扣以前年度工资个税的扣缴，首先要确定的是扣缴的期间是属于哪个年度，即应纳税所得额是属于过去哪一年度，以便确定计税方法，确定扣缴率以及补税额。若为过去某年度，则无需改变税务登记地，可直接报送原税务机关，并按照过去年度的税法规定，按照属于过去年度当时的税率缴纳税款。若跨期，则需要改变税务登记地，报送新的税务机关，并按照现行的税法规定，重新核算当期应纳税所得额，再按照相关税率进行相应的扣缴，缴纳应补退的税款。 补缴个税一般不会受到免税扣减政策的影响，但是在缴纳补缴的税款时，应注意将补缴税款与现期应缴税款分开填写，方便管理，以免产生混淆。