是的，银行电子承兑的有效期一旦到期，款项将自动转入收款方账户。如果你作为收款方，想要接受付款方的银行电子承兑，你需要与付款方签署《银行电子承兑汇票保兑协议》，详细说明账户信息、收款方付款日期以及到期日期等内容，然后由你的银行根据协议条款承兑付款。在付款到期日期到达时，款项将自动转入收款方指定的账户，你不需要做额外的处理。