应当根据《企业会计准则》第三版第六章《应付税费》对企业被没收所得税进行记账，具体而言，可以各设出一种“没收税款”和“应交税款”两个科目。比如，某公司A因为违反税务管理制度，被当地税务局查处，将其所得税收入1000元另行罚款。此时，A公司可以在应付税费支出科目下建立“没收税款-税务管理违规”子科目，记账1000元；另外，也可以在应交税费支出科目下建立“应交税款-当地税务局-实际罚款”子科目，记账1000元，两项科目的会计记录可以相互印证，相互补充，从而保证账务的有效性和准确性。