公司员工自行选择只交养老而不交纳公司医保是合法的，但需要签订一份关于免除公司医保承担义务的协议。如果有同意免除公司医保承担义务的公司和个人，应当签署其书面协议，并由双方确定医保承担义务的责任，以及合同毁约或者违约责任等。 例如，某公司有50名员工，均选择只交纳新农合医保，而不交纳公司医保，那么该公司就可以签署一份合作协议，内容为免除本公司的医保义务，并详细明示剥夺公司医保的职工的医保等。其中，在协议中，可以根据当前职工的情况，将承担医保义务的新农合人数确定下来。