您好，根据您的描述，补缴税款应计入税收类费用，计入工程施工-合同成本；另外，您还应及时将该笔款项及相关票据提交税务机关，按有关规定做好税收申报等工作。拓展的知识点：一般而言，在承揽工程服务的完工进度和价款结算时，付款方应当向收款方出具正确的增值税专用发票，及时向税务机关报送各类税收表格，做好双方税收申报和税务报表等工作。