在申报员工个税时，员工在九月份入职，12月份申报的情况下，员工应该按累计10000元来计算减除费用。因为从九月份开始，到12月份，员工只有三个月的时间，未满一年，所以员工应按三个月的工资累计乘以三的倍数，也就是10000元来计算减除费用。 拓展知识：总的来说，累计减除费用最多2000元/年，最低每月应缴纳的个税收入额不超过3000元的，可以累计减除5000元/年；最低每月应缴纳的个税收入额超过3000元的，可以按照月度累计减除相应的税额。