首先，如果公司收到的发票没有代扣代缴个人所得税，就要遵循有关税务法规，按照相关要求及时更正申报并扣缴个税。但是，由于开票人已经离开公司失去联系，要想通过汇算清缴时退税给开票人也就不可能了。这种情况下，公司可以考虑通过报表明确，把之前扣缴的个人所得税作为未结转损失累计到下一年度，在历史损失额度范围内累计扣除税款。也可以及时核实开票人是否已经放弃退税的权利，作出相关协议后再退税。