要付运费，需要准备的凭证有：1.装车单，记录煤炭的装车量；2.发运单，记录煤炭的发运量；3.运费单据，记录运费的具体信息；4.结算收据，记录结算的时间、金额等；5.发票，确认运费的纳税义务。在付运费的时候不一定需要三方询价单，但如果您想要以承运人之间最低价格来确认运费标准，这时候就可以使用三方询价单，这种单据通常是承运人之间投标出价，最低价的供应商作为运费的依据。此外，可以咨询当地的税务部门，核实是否需要支付税款，准备相应发票。 拓展知识：在付运费的时候，如果需要向付款人支付较高价格，可以签订运输协议，明确详细的物流运输服务内容，并在协议中注明具体的价格标准，以及各方权利义务等内容。