根据税法规定，个体工商户销售增值税一般应缴纳增值税，其税率一般为3%，4%或6%。因此，根据本季度开具的40万元发票，该个体工商户应缴纳的增值税为1200元（计算方式：40万*3%=1200元）。 拓展知识：计算增值税时，个体工商户需要根据自身行业所处税率（3%、4%或6%）计算，此外，在实际缴纳增值税时，还应注意增值税税源和减免税政策等相关规定。 应用案例：譬如，一家个体工商户主要从事汽车租赁服务，根据国家有关税政，该企业增值税税率为4%，若本季度该企业销售金额为30万，则其应缴纳的增值税为1200元（计算方式：30万*4%=1200元）。