应该将勾选的发票作废，并且开具另外一张退款发票。首先，应当检查该发票是否是正确核销；如果是，需要及时向其他单位通报，并在税务系统中作废；如果不是，也应该及时作废，避免出现税收偷税行为。拓展知识：税务登记证一般由税务机关颁发，是税务机关识别纳税人的重要凭证。登记证上载明的是当时纳税人的基本情况，比如纳税人的名称、社会信用代码及税务登记状态等。