处理发票与合同的金额不符的情况，首先要根据发票与合同的条款明确发票与合同上的金额应该是否一致。如果发票与合同上的金额不同，应该在合同上添加一个附注，将发票与合同上的金额作出调整，使发票与合同上的金额一致。除此之外，还要请开票方对发票上的金额做出修改，将发票上的金额与合同上的金额一致，或者可以要求开票方开一张补发票，将税金额调整为正确的金额。补发票还需要将原发票作废，然后开具补发票，将发票的金额与合同上的金额一致。最后，要确保发票、合同以及补发票的金额一致，以免引起税务部门的审查。 拓展知识：在处理发票与合同的金额不符的情况时，要特别注意不要超过税务部门规定的“金额少或多五元以上”的范围，否则可能会受到税务部门追加税金和附加税金的处罚。同时，发票上的金额也应该核实准确，否则将可能会受到影响税收收入的影响。