根据《中华人民共和国税收征收管理法》规定，当农民合作社销售自产玉米及农户那收购的玉米，且收入超过500万时，需要向税务机关申报纳税。在此情况下，需要缴纳增值税和所得税，两者均为营业税类别。增值税是按玉米的销售额按照规定的税率缴纳的，而所得税是按照净利润按照规定的税率缴纳的。 此外，税务机关还时常发布新的税收政策，通过征收减免等政策，鼓励国内企业的发展，这些政策都可以减轻农民合作社的缴税负担，增加营业收入，拓展合作社的发展空间。