建筑公司异地预交所得税的汇算清缴后有剩余，应当申请退税。根据《税收征收管理法》第九十六条的规定，对扣缴义务人代扣代缴的税款，应当及时按规定缴清，如果超缴应当申请退回。申请退税，可以通过登陆税务机关网站进行申请，或者联系当地税务机关代理申请退税。 拓展知识：异地预交税务是指纳税人在异地所属税务机关处预交税款的一种税收征收形式，是一种特殊的税收征收管理，旨在加强对税收的及时管理和收缴，以确保税收的及时缴纳。