处理水费明细增值税计税费依据与申请单合计不含税金额不一致情况首先需要看清楚水费明细增值税计税费依据与申请单合计不含税金额不一致的原因，如果是因为税额变化导致的，那么可以与缴税结果详情进行对比，看是由于未收取、应税服务项目名称错误、税率和税额计算错误导致的，确认后根据缴款书内容，增追收或减免税款；如果不是税额变化，而是其他原因，那么就要仔细检查，比如申请单是否填写正确，水费明细是否录入正确等，以此确定金额是否准确，如果出现问题，就要及时处理，及时更改或补充信息，确保准确无误。拓展知识：增值税是按照租赁、承包、销售活动或者是服务、使用、探矿权等发生的收入给予相应的税率，然后经过计算后得出纳税人应纳税款额。增值税注册企业可在申报时减免增值税，即如果有特事特办，可以向税务机关申请减免某部分税额，具体情况要与税务机关咨询。