处理方式如下：首先，根据客户实际转账的金额5000元，应该开具5025元的发票，但客户实际只付款了5000元，所以可以在发票上注明，客户付款5000元，同时可以在发票上加盖“客户已付款5000元”的印章，以证明发票的有效性。 此外，在实际操作中，这种情况也可以以服务费的形式办理，即在发票中，就客户付款的5000元的基础上，可以增加服务费或者补偿费，将发票金额补足5025元。 拓展知识： 发票是按照实际应付金额发放的，而实际付款金额可以少于发票金额，此时，发票可以具有解释权，发票上需标明实际付款金额，同时可以加盖公章。