两个公司被甲公司控制后，由甲公司来合并A公司和B公司的财务报表。合并财务报表的具体程序包括：首先，审查两个公司的财务帐目，确定哪些需要合并，哪些不需要合并；其次，根据甲公司的程序，确定合并的相关口径；然后，根据财务规则，分析A公司和B公司的财务报表，确定最佳的合并方式；再次，根据财务原则，将A公司和B公司的财务报表进行合并；最后，由甲公司对合并后的财务报表进行审核，确认财务报表是否准确无误。 拓展知识：在合并财务报表之前，甲公司还必须明确A公司和B公司之间的所有相关财务和经济关系，以及所有影响合并财务报表的因素，如外币折算、利润分配和折旧等，以确保财务报表的准确性。