可以开零税率的工程发票，但是如果甲方要求开9%专用发票，则不能开零税率的工程发票。因为若开零税率的工程发票时，发票的税率与实际销售的商品或服务税率不符，则会引发财务稽查，从而引发巨大的经济损失。同时，若开零税率的工程发票，则此张发票的进项和销项在申报税款时不能作为进项税额的减免，也没有税务凭证，税务稽查机关也会不接受开具此种发票。故应根据甲方要求，开9%专用发票，有效保障发票有效性。同时，此时开的发票内容可以勾选其他项目进项，也可以勾选，但则此项目进项发生时不得勾选、实际仍需支付税款。 拓展知识：零税率发票是指税率以“0.00”表示的发票，发票上的税款为“0.00”，即发票上的税率为零，也叫零税率发票。一般情况下，零税率发票用于出口销售、政府采购等支付零关税的业务，但是在税务的管理中，使用零税率发票时，应遵守国家有关法律法规，发票内容与实际销售的商品或服务税率要相同，否则可能会引发财务稽查。