同一个人注册两个个体户，年底需要汇算清缴。根据《中华人民共和国个人所得税法》第十五条和第六十三条之规定：所得税负着完全由应纳税人自行承担的原则，原则上只要收入存在，就应该缴纳个人所得税。因此，如果这两个个体户都有收入，那么年底时都需要汇算清缴，完成应缴税款的计算和缴纳工作。 在汇算清缴的过程中，应首先对两个个体户的收入进行累加，减去附加扣除项，再根据不同的级别来按照相应的税率计算应缴的税款。有关拓展知识，应缴的税款也可以通过代扣代缴的方式，分次缴纳，以免在个人生活中带来经济负担。