小规模纳税人公司申报印花税和申报增值税是在相同的系统上完成的。一般来说，小规模纳税人都是在政府提供的电子税务局系统中进行纳税申报，系统上同时支持印花税和增值税的申报。小规模纳税人公司可以先将印花税和增值税申报资料统一上传，自动进行申报，如果印花税和增值税的纳税申报数据有差异，还可以单独对每一种税务填写及提交申报，最终的纳税结果也会在电子税务局系统中进行确认，小规模纳税人可以随时查看自己的纳税申报结果。 此外，残保金的申报也是在电子税务局系统中进行的，申报残保金时，需要小规模纳税人先在电子税务局系统中进行注册，然后就可以对残保金进行申报缴纳。由于残保金是一种补贴性质的收入，所以小规模纳税人可以在电子税务局系统中得到当期残保金的实际收款金额，以及扣缴义务人需要扣缴的残保金金额。