当发票开具出来的金额、吨位和单价不对时，可以采取以下措施处理。 （1）首先，需要找出开具该发票的原因，以及出现差错的原因。是发票人的操作出错，还是收票人的管理出现漏洞？ （2）其次，如果发票的金额、吨位和单价出现偏差，需要重新制作发票，确保发票内容准确无误。 （3）最后，依据发票内容重新进行结款，确保发票的内容和金额准确无误。 拓展知识：除了检查发票，还应当注意发票保管，发票是企业财务管理的重要凭证，发票的内容和金额一定要准确，应当建立完善的发票管理制度，定期清理查验，以确保发票的正确有效使用。