企业基本账户可以发放农民工资，但要遵循相关税法规定。根据《中华人民共和国个人所得税法》的规定，农民工受雇于企业的薪酬应缴纳个人所得税，实行发放后缴税制。发放农民工薪酬时，企业应当向个人征收个人所得税，即应当在当月应付薪酬中按税法规定的税率和附加税率扣减个人所得税。 在发放农民工薪酬时，企业还应当按照相关财税法规，缴纳当月未缴纳的个税，补缴上月落后的个税，同时缴纳养老保险费、失业保险费和住房公积金等费用。 拓展知识：企业发放农民工薪酬时，可以采用被征管、发放分离的方式，这种方式可以使企业和个人都能减轻税收负担。被征管的模式下，企业在单位上缴纳个人所得税，税率比个人办理相对较低；发放分离的模式下，当月工资拨出一部分由企业代扣代缴，比一次性拨出更能缓解个人承担的税款压力。