增值税是按照票据开具的，而企业所得税是按照工程的完工进度，所以收入的不一致是正常的。但是，如果过多的进度确认，可能会导致企业所得税的收入比预期的多，这样会加大企业被税务机关查税的风险，因为这可能意味着企业存在漏税或者其他税务违法行为。另外，企业上报的税收应当与实际经营情况相符，不得出现虚报和开虚增的情况，否则也有可能被税务机关查获。建议企业在计算税收时，要认真核算，避免出现任何虚增的情况。此外，企业还可以积极参与税收优惠活动，根据税收法规，可以享受一定的减免或免税，这有助于企业降低税收负担。