员工工资交个税是按照法定税率从实发工资中扣除，实发工资是指经过社会保险和住房公积金费用之后的金额，也就是扣除社保后的金额1000-5000，并不包括社保费。拓展知识：2020年起，低于5000元的工资收入改为按月缴纳个税，缴纳和纳税的标准也有所调整。按月缴纳的纳税金额 = 月应纳税所得额x税率 - 速算扣除数。