当进项税跟税账认证不同步，应交增值税不等于未交增值税时，需要根据实际情况进行处理。分析原因可能是：1.发票信息录入有误，导致增值税及税金发票信息有误；2.计算金额有误，发票的金额有变动；3.其他原因不确定。 处理方法：1.核实发票信息；2.根据发票、税账关系，重新计算应缴金额；3.根据实际情况，及时缴纳税款；4.及时补差额，调整税账。 此外，还要查验实际交易信息，核实科目录入和发票对账情况，确保增值税税账真实有效。另外，手续办理及时、全面，发票开具准确无误，也是增值税税账认证同步的重要保障，以免发生税账不同步的情况。