发票开出去跟最终收款相比，有差额的情况一般都是由于扣减了一些额外的支出，比如工资、税收等。其中，由总包直接打款给农民工的工资，就要从最终收款中直接扣减。发票开出去时，可根据账务部门确定的农民工工资而将这部分款项从应结金额中减去，然后在发票上注明“已从结算中扣减农民工工资”，以便核对实际收款跟开票金额是否有差异。同时，将农民工工资卡的收款记录及时上传财务部门，并进行全盘核对，以确保账务完整和正确。 此外，发票开出后，若发现收款跟开票金额有差异，可根据具体情况，再次分析及查明差异原因，并及时补足差额或完善核销记录。 拓展知识： 在扣款过程中，可能会因为收款单位的不熟悉而出现各种问题，因此，在给农民工付款之前，需要事先做好相关的准备工作，比如开立农民工的工资账户，对工资发放的数额予以确认等，以避免后续发放工资出现问题。此外，建议采用线上付款的方式，可以快速准确的将工资转入农民工的账户，可以有效地解决收款问题。