股东持股比例5%投入资本金100万，企业注册资本500万，其中25万计入实收资本，75万计入资本公积。针对计入资本公积的75万，因为注册资本部分已见证，所以也不可再见证，需要一个增资协议才能缴存，即增资协议是让企业增加注册资本的凭证，增资协议需要股东会或者董事会的决定，使该笔资金能够成为企业的正式的资本金。增资协议是当股东投资时必须签订的一份文件，外部投资者通过增资协议被承认为新股东，也就是被纳入合伙企业或股份公司的股东，进而受到法律保护，享受一定的权益。 增资协议也可以用于税收上的合法性，比如对外担保等。增资协议也可以用于增加企业拥有的资产，比如投入设备和车辆。企业还可以用增资协议来改变股票持有人的比例，使股东更有利于控制公司的决策，以及出售股权等。 总之，在股东投入资本金，企业注册资本增加的情况下，计入资本公积的部分需要一个增资协议作为证明，以保证企业法律利益的实现和保护，以及企业资本结构的稳定。