针对建筑业总包付工程款有部分通过农民工账户支付，需要做账务处理的情况，一般来说，首先要查验农民工账户是否正常，确认支付内容是否真实可靠。其次，检查收到的付款金额是否与实际应付金额一致，如不一致，应及时询问农民工账户的归属者并及时更正账务处理。最后，应采取有效的措施来补充交易记录保证账务凭证的完整性，如建立农民工账户交易登记表，由财务部门管理。如果账务处理不当，部分税收也可能无法被及时缴纳，从而给公司带来不利影响。 拓展知识：在处理农民工账户的账务时，要注意防止“虚报假收”的情况。虚报假收是指企业拿到农民工账户中的资金，但是并未正确报告给税务机关，因此企业的税收减免会受到影响。所以，企业在处理农民工账户的工资时要谨慎，确保财务处理的准确性和完整性。