尊敬的老师：您的答案是正确的，关于农民合作社开的收购免税发票1000元，做账时1000元是成本，可抵扣的税额是1000*9%=90元。原因是，根据《企业所得税法》规定，有购销经营关系的，当事人可以结合购销经营双方的税务档案，以收购免税发票金额作为采购成本，减免采购成本对应的9％税费。因此，农民合作社开的收购免税发票1000元，做账时1000元是成本，可抵扣的税额是1000*9%=90元。 但需要注意的是，该发票有效期内要保存好，以便以相应的标准抵扣税费。其中需要特别注意的是，如果有交易方确认凭证未收到，或者收到的金额与发票金额不符合，则税费将无法得到抵扣。 此外，还要强调一点，营业税和附加税不可以抵扣。这是因为，根据中国税收法规，营业税和附加税由增值税纳税人自行申报缴纳，不能通过发票申请抵扣。