甲公司持有乙公司发行的股票的入账价值为540万元。具体计算方式：采用购买法计算的账面价值，根据甲公司购买价格和乙公司可辨认净资产调公允价值确定。购买价格=3元×180万股=540万元，占股份总数的30%，实质上乙公司的可辨认净资产调公允价值为：540万/30%=1800万元，加上未调公允价值2000万元，合计3800万元可辨认净资产，此时甲公司持有乙公司发行的股票的入账价值为540万元。 拓展知识：购买法是会计估价法中常用的一种，用来估计净资产的价值，它是先将可转换资产减去附带义务后，将所剩净资产单价乘以数量，得出净资产价值，再加上未经认定的净资产和未调公允价值后所得出的总价值，即为企业资产价值。