小规模纳税人实际实现的增值税应该是按照3％的税率结算的，但是在结算时却按照9％的税率计算了增值税。是的，针对这种情况，小规模纳税人应当扣除差额的增值税。 具体到小规模纳税人来说，根据《增值税改革实施方案》，建筑业小规模纳税人纳税应用是按照3％的税率实施的，所以，在企业实际实现增值税时，以实际结算的税率结算增值税，如果实际结算的税率低于规定的税率，则应当扣除差额的增值税。 此外，小规模纳税人扣除差额增值税的基本原则是由中央财政支付，其中，由中央财政支付增值税差额占当期增值税收入的比例不少于50％，其余由省级财政负担。 总之，小规模纳税人实际实施的增值税应该是按照3％的税率结算的，但是在结算时却按照9％的税率计算了增值税，因此小规模纳税人应当扣除差额的增值税。 拓展知识：增值税的优惠政策是政府为了鼓励企业投资并发展而采取的税收政策，该政策有助于促进企业发展，激励企业实现转型升级，改善市场竞争环境，扩大经济发展。