增值税留底退税款的分录如下：一、应收票据：从增值税留底账户中支付的应收票据；二、其他应付款：从增值税留底账户中支付的其他应付款；三、增值税留底账户：从增值税留底账户中支付的应收票据和其他应付款；四、应付税费：由于税收减免，从增值税留底账户中支付的应付税费。 拓展知识：增值税留底账户是指在税务管理机关指定的银行、保险公司等金融机构中登记开立的，企业因涉及税收减免、债权抵偿等而储存增值税收入的专用户口。企业应及时将归还给企业的增值税收入原路划入该特殊户口，由企业自主使用，用于清缴应付税费，抵扣当期应纳增值税，以及支付给企业的增值税留底退税款等。