跨行支付手续费的凭证录入是由公司的总账财务处录入的。录入的凭证应当准确而完整，并且要分开录入，分别对付款方和收款方的账户进行扣除，然后分别记入财务账上。付款方扣除的费用应记录为支出，收款方扣除的费用应记为收入，具体录入方式如下： （1）付款方扣除：通过银行存款科目外部往来款购买费用，为银行存款科目支出，费用类别记录跨行支付手续费； （2）收款方收取：通过银行存款科目外部往来款购买费用，入账账户为费用类别记录跨行支付手续费，为银行存款科目收入。 拓展知识：通过银行的跨行支付，基本上没有手续费，但是基于不同的银行之间的差异，以及不同银行间的付款时效，可能会有手续费的收取。银行付款时效说明了手续费计算的基准，一般以人民币结算为主，只有在特定情况下，才会上收取手续费。