处理负数发票上写了作废的机动车销项发票时，首先需要根据机动车中可靠的票据记载来确认是否有相应的发票，如果有，可以根据发票上的信息，填写运费信息；若没有，可以凭借其他有效票据核实，如货运单据、收款凭证等，并根据其他有效证明来确认运费信息。 此外，为了预防未来产生的类似问题，建议将机动车的货运信息历史进行记录，以便供后期查看。在实际出租、运输、销售过程中，要严格审核发票，如确认有问题，及时根据实际情况采取相应措施，以避免发生负数发票作废的情况。