如果企业利润总额为负数，而在填报特定业务预缴的时候申报的金额有余，需要进行调整，以避免税务局的重复缴纳，税务局会根据企业的实际情况，判断应补缴税额是多少，以及应退税额。 具体操作是：在填写税务申报表时，企业应依据预缴金额作为基数，根据实际税率折算出当年应缴纳的税金，应缴税金与实际预缴税金比较，判断应补退税金额，如果实际预缴税金大于应缴税金，则应补缴税费；反之则应该申请退税。 要注意的是，申报的时候一定要进行准确的计算，不能因为企业的利润为负数而有所把握，以免造成税务疏漏或者缴纳金额的不自觉增加。