关税是政府对进口货物征收的一种税收，是收入最主要的收入来源之一。本题中要求计算某进出口公司从日本进口400吨化肥时应纳的关税，关税税率为5%，美元汇率为1：6.3。 根据以上要求，计算应纳关税步骤如下： （1）计算货物的美元总价格：该公司从日本进口400吨化肥，每吨2000美元，货物总价格即为2000×400=800000美元。 （2）计算货物的人民币总价格：美元汇率为1：6.3，则800000美元转换成人民币的价格为800000×6.3=50400000元； （3）计算货物的人民币总价格——减去运费、保险费和其他劳务费用：货物运达我国境内输入地点起卸前的运费、保险费和其他劳务费用为每吨人民币1500元，则总价格减去运费、保险费和其他劳务费用的人民币总价格为50400000-1500×400=48200000元； （4）计算关税：关税税率为5%，则48200000元货物应纳关税为48200000×0.05=241000元。 综上所述，某进出口公司从日本进口400吨化肥时应纳的关税总额约为241000元。 拓展知识：进口关税分为只征收税额和爱征收税额两种。只征收税额一般不高于百分之二，而爱征收税额则可以高到几十甚至上百分之之二十，甚至无税。