公立医院申请药品零差价补助的流程是： 1、医院管理部门从政府部门中申请零差价给药补助，并准备具备文件资料包括申报的书面申请及申报书面表格； 2、医院药房部门通过系统查询指定药品的基药零差价，并办理相关业务申报准备工作； 3、医院管理部门向政府部门提交申报文件； 4、政府部门审查补助程序，并向医院管理部门提供补助资金； 5、医院管理部门将补助的资金转移到公立医院的账户，完成补助程序。 拓展知识：公立医院申请药品零差价补助应具备的申报资料一般包括：申报的书面申请，申报书表格，药品零差价给药名录，药品采购支出名录，药品收费收入及相关文件等。此外，公立医院需要提供药品质量检测报告及药品零差价实施情况报告等资料，以便得到政府部门的补助。