首先，要明确合同与发票不一致的出入点是什么，原因何在，是否能够得到证明。一般来说，如果合同与发票之间的数量差异不大，若能得到证明，可以通过修改合同等方式解决，但如果差异较大，则可能会受法律的影响。比如出入库单与发票是一致的，合同数量22吨，而发票是22.12吨，这个差值可以经过补充材料来证明，且是否有影响则要看具体情况，例如两者之间货物的赔偿协议是什么，交付期限及支付方式是否受到影响，以及是否发生了违约等等。另外，为了防止发生合同纠纷，企业在签订合同时，还应该着重考虑货物的质量、交付期限及支付方式等细节，以免由于缺乏充分考虑而产生合同纠纷。