在加计抵减中，期末余额负数的情况表明，申报的税金大于实际可抵扣的税金，也即是所申报的加计抵减额大于实际抵扣的税金，也就是税务机关将在今后的计算中给企业减少税金。但有些企业在申报中，上述情况有可能存在，比如，有一些企业在申报加计抵减额时，把它们已有的进项税额和新增的进项税额累加在一起，以此申报抵扣，但实际上有一部分进项税额已经在上一期被抵扣，因此会出现期末余额负数的情况。 另外，如果企业的进项税额申报抵扣额度超过企业应交的税金，即期末余额负数，则向税务机关申报申请转出时，企业可以申报转出额度为实际的税金额加上期末余额的负数，也即是把期末余额的负数作为转出的额度，这样就可以将抵扣的税款进行转出，让企业可以拿到自己抵扣的税金。