这种情况下是可以申请退回的。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，对已经缴纳的增值税，公司可以向主管税务机关提出退回申请。此外，申请者需要提供作废发票和已缴税款凭证，并按照发票上的金额准确计算待退税款。如果确认申请符合规定，税务机关将按照相关规定核定并退回纳税人，退回的税款一般会经过有效的对账，将转入纳税人的银行账户。另外，纳税人应当确保其他用于征税的发票准确无误，如果发现有任何发票错漏，应及时向税务机关申报和申报付款。 以上就是关于申请退回已缴税款的相关知识，希望对公司有所帮助。另外，在申请退回税款时，公司可以主动咨询当地税务机关，或者向专业咨询机构请教进一步的政策性疑问，以免造成不必要的损失。