是的，小规模季度申报增值税，公司的专用发票都是电子税务局代开的且开票时已缴纳税款，在季度申报时第二栏仍需要按原发票填写收入金额。这是因为，增值税季度结算表收入金额不代表按原发票金额缴纳税款，而是根据当期实际营收来确定税收缴纳金额，因此季度申报增值税时，专用发票收入金额需要按原发票填写，以便准确计算出每期应缴纳税款。同时，营业收入比较复杂的，可能存在各种类型的减免税，比如学生免单，以及营收内部调账等，此时，也需要在季度申报增值税时准确确定收入金额，从而准确计算缴税金额。总之，小规模季度申报增值税，公司的专用发票在季度申报时第二栏需要按原发票填写收入金额。 此外，在季度申报增值税时，还需要注意发票的真假，假发票带来的影响。由于黑灰经济活动普遍存在，一些违法者利用假发票进行虚开、逃税等活动，因此，季度申报增值税时要仔细核实发票是否为真发票，确保有关税收征收实施情况。