是的，总分公司可以在海淀区注册，并且可以选择独立核算自负盈亏，同时可以增值税独立申报所得税合并到总公司一起报。其中需要注意的是，一般情况下，总分公司一定要同时具备独立核算和独立申报增值税的资质才可以。其次，如果下属分支机构有营业所得税税负，则需要在税务机关备案，并且总分公司本身还要缴纳关联方所得税，才能完成合并申报。此外，总分公司还可以充分利用帐簿、凭证等财务资料合理编制税务报表，合理安排交税额度，减轻企业税负。 拓展知识：很多企业都会遇到合并税报的问题，除了注意以上的几个税报要点外，企业还需要认真处理合并税报中的信息准确性，尤其是保留有效凭证，以免造成因合并税报造成的税务负担不必要的增加。