在自然人出租商铺的情况下，如果对方出具了以自然人为法人的个体工商户销售方的增值税专用发票，我公司是可以接受的。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第三十六条规定，销售方如果是个体工商户，而且个体工商户签订的销售合同等法律文件上明确标明交易双方的全称、交易内容、金额、数量和开票要求，那么开立增值税专用发票是可以的。因此，我们可以接受自然人出租商铺的增值税专用发票。 拓展知识：从增值税的角度来看，自然人是增值税的纳税人，但只有当自然人涉及到商业活动，并且有营业执照时才需要缴纳增值税；如果自然人涉及的是房地产的买卖，那么并不需要缴纳增值税。